农村耕地有纠纷可以先找村民委员会进行说明情况和调解纠纷、解决问题。如果调解不成功，可以申请乡镇处理。也可以向当地人民起诉进行解决纠纷问题。国家保护耕地，严格控制将耕地转为非耕地。国家实行占用耕地补偿制度。非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。
一、国家实行永久基本农田保护制度。下列耕地应当根据土地利用总体规划划为永久基本农田，实行严格保护：
1、经农业农村主管部门或者县级以上地方批准确定的粮、棉、油、糖等重要农产品生产基地内的耕地；
2、有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田和已建成的高标准农田；
3、蔬菜生产基地；
4、农业科研、教学试验田；
5、规定应当划为永久基本农田的其他耕地。
二、征收下列土地的，由批准：
1、永久基本农田；
2、永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷的；
3、其他土地超过七十公顷的。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第四十二条 国家鼓励土地整理。县、乡（镇）应当组织农村集体经济组织，按照土地利用总体规划，对田、水、路、林、村综合整治，提高耕地质量，增加有效耕地面积，改善农业生产条件和生态环境。地方各级应当采取措施，改造中、低产田，整治闲散地和废弃地。